Pierre-Yves Fleury a étudié l’orgue avec Michel CHAPUIS, Norbert PETRY, Susan LANDALE et Louis ROBILLIARD aux Conservatoires de Besançon, Rueil-Malmaison et Lyon. Il y obtient plusieurs premiers prix, en orgue, écriture, formation musicale et analyse. En juin 2000, il obtient au Conservatoire National Supérieur de Musique de Lyon le Diplôme National d’Etudes Supérieures de Musique, mention très bien, dans la classe d’orgue de Jean BOYER et Liesbeth SCHLUMBERGER. Il est titulaire d’une Maîtrise de Musicologie, mention très bien, à Paris-IV Sorbonne et d’un premier prix d’analyse au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris.

En juin 2002, il obtient le C.A. de professeur d’orgue. PEA d’orgue et PEA de culture musicale, il occupe entre 2003 et 2012 plusieurs postes d’enseignement : au CNR de Lyon pour l’orgue et l’improvisation, aux CRD de Mâcon et Bourgoin-Jallieu pour l’orgue et l’Analyse, à l’IMSL de Lyon pour l’improvisation, à l’Université de Franche-Comté pour l’Histoire de la Musique et l’Analyse. Il travaille également en collaboration avec l’Auditorium Maurice RAVEL de Lyon de 2000 à 2009. Il est depuis 2012, professeur d’orgue au CRR du Grand Besançon.

En octobre 2005, il crée avec quelques organistes lyonnais, le festival «Orgue en Jeu », présidée par Louis Robilliard, et codirige avec Olivier Camelin le 1er Concours International d’Orgue de Lyon (avril 2009). En 2009, il crée le festival «Orgue en Ville» à Besançon.

Organiste de la Basilique de Fourvière de Lyon de 2001 à 2010, il est actuellement organiste à Ollon-Villars et mène une activité de concertiste en France et à l’Étranger.